O hipericão deve ser usado com precaução, principalmente nas seguintes situações:​

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- Durante a gravidez e amamentação, devido ao seu efeito abortivo e possivelmente causa de defeitos no feto. É possível que lactentes de mães que tomem hipericão possam sentir cólicas, sonolência e apatia;

- Exposição a luz UV terapêutica ou terapia de solário, pois o teor de hipericina aumenta a fotossensibilidade a UV-A;

- Em depressão grave ou em combinação com qualquer antidepressivo;

- Uso simultâneo com inibidores da monoamina oxidase (IMAO) ou inibidores da recaptação de serotonina (SSRI), pois podem ser potencializados os seus efeitos e pode aparecer um efeito semelhante ao síndrome de serotoninérgico;

- Consumido conjuntamente com álcool ou resperina, por aumentar o tempo de sono de efeitos narcóticos de álcool e antagonizar os efeitos da resperpina;

- Quando há doença hepática ou renal crónica, pois estes órgãos parecem incapazes de eliminar um acumular de hipericina;

- Uso conjunto com suplementos de aminoácidos;



- Anestesia após uso continuado (pelo menos 6 meses), pode levar a complicações cardíacas durante a cirurgia;

- Uso simultâneo com qualquer medicação prescrita ou auto-administrada, pois esta tem o potencial de alterar a taxa de metabolização de muitos fármacos no mercado;

- Com medicação para a epilepsia;



- Pessoas com Doença de Alzheimer, pois parece contribuir para a demência nestas pessoas;



- Casos de esquizofrenia, o hipericão parece causar psicose nestas situações;

- Com a teofilina (medicamento destinado ao controlo de crises asmáticas);

- Com fármacos destinados ao controlo da enxaqueca;



- Em casos de transtorno bipolar, pessoas com ciclos depressão e mania desenvolvem um estado marcado pelo excesso de exercício físico e comportamento impulsivo. Neste caso, o hipericão acelera os ciclos depressão-mania;

- Com varfarina ou heparina;

- Uso simultâneo com fármacos destinados ao tratamento de HIV (a toma de hipericão leva à redução do efeito antivírico dos inibidores da protease).